A kunok lassan tértek a kereszténységre, plébániáik csak 1348. táján alakultak, az egri egyházmegyéhez csatoltan. A reformáció a református egyházi feljegyzések szerint 1530. körül terjedt el a Nagykunságon. A nagykun városok és községek Kunszentmárton kivételével – ahová a török időben történt elnéptelenedés után a katolikus vallású palócok költöztek be – ma is nagy többségben reformátusok.

Mivel a város többször elpusztult, református templomát is mindig újjáépítették – azon a helyen, ahol eredetileg állott. A jelenlegi kettős tornyú templomot 1827-től 1844-ig építették, terveit végleges formában Hild József készítette el.

Rados Jenő: Hild József Pest nagy építőjének életművében így jellemzi a kunhegyesi református templomot:

„Egyik legszebb református templomunk. Magasbatörő, megragadó térhatású felsősége két emeletes körülfutó karzataival, amelyeket a földszinten dór, az emeleten jón oszlopok fognak alá, befogadóképesség szempontjából is az ország legnagyobb templomai közé tartozik. Kéttornyos, keletre néző homlokzatára jón oszlopok hordta háromszögű oromzat ad különös jelleget.”

A monumentális épület többszöri felújításon ment keresztül, az eltelt évek során látogatottsága változott, volt idő, amikor politikai okokból nem sokan tértek be ide – ez vonatkozott a katolikus templomra is.

Az 1989-es városavató volt az áttörés, azóta a rendszeres Istentiszteletek mellett évente több alkalommal is rendeznek komolyzenei koncerteket benne, fellépnek az iskolai énekkarok, zenét tanuló diákok, 2001-ben eredeti szereposztásban előadásra került Illés Lajos: Magyar ének című oratóriuma is.

Római katolikus templom építésére 1779. szeptember 2-án kelt királyi rendelet utasította Kunhegyest. A kunok nem kapkodták el az építkezést, először egy nagyobb házban alakítottak ki kápolnát, majd csak 1811-ben építettek egy újat.

Báró Fischer István egri érsek végrendeletében úgy rendelkezett, hogy hagyatéka terhére Kunhegyesen építsenek nagyobb templomot, plébániát és iskolát. A ma is álló katolikus templomot 1831-ben Pyrker László egri érsek szentelte fel a Szentháromság tiszteletére.

Említésre méltó – kultúrtörténeti jelentőségű – még az izraelita egyház, mely 1850. körül vált jelentőssé a településen. Előbb imaházuk volt, majd zsinagógát is építettek. A Holocaustot követően lélekszámuk harmadára csökkent, majd sokan elköltöztek, meghaltak. A zsinagóga állapota az 1970-es évektől rohamosan rosszabbodott, megmentésére nem volt pénz, 2002-ben lebontásra került.

Az 1930-as népszámlálás adatai alapján Kunhegyes lakosságának megoszlása vallási hovatartozás szerint a következő:

Református 8 046 fő

Katolikus 2 535 fő

Izraelita 273 fő